Межнациональные столкновения на юге Кыргызстана в 2010 году становились объектом расследования нескольких комиссий. Первой была независимая от правительства республики международная комиссия организации по правам человека «Human Rights Watch».

«Human Rights Watch» обвинила тогдашнее Временное правительство республики в соучастии в погромах узбекской части населения. Позднее были опубликованы выводы комиссии  при омбудсмене, а также результаты работы национальной комиссии, в которых обвинения, наоборот, были направлены против лидеров узбекской диаспоры. В настоящее время расследованием тех трагических событий занимается специальная парламентская комиссия.

Доклады всех комиссий вызвали множество нареканий с разных сторон. Президент Роза Отунбаева также выразила неудовлетворение итогами расследования, и инициировала 12 января начало работы специальной межведомственной следственной оперативной бригады по июньским событиям. В частности, она высказала желание провести объективное расследование: «435 человек погибли, тысячи раненых. Мы сегодня должны, безусловно, это дело довести до конца и вести его скрупулезно. Вы молчите обо всех нарушениях, но народ знает. Не обязательно это все в ваших бумагах будет. Никто это не оставит. Это уже не 90-х годов события, это 2010 год».

Недавняя история учит, что при отсутствии объективного расследования и взвешенной политической оценки межэтнических столкновений, сохраняется потенциал для новых конфликтов. Стороны лишь восстанавливают силы, живут в постоянной готовности к новым конфликтам. В этой связи выглядит логичным, что президент требует проведения объективного расследования. Выглядит сомнительным другое – если  обвинения в адрес ныне действующих политиков, особенно силового блока, начнут подтверждаться, то они пойдут на всё, чтобы направить работу следствия по ложному следу. 

Роза Отунбаева подвергла критике действия силовых структур, посетовала на медлительность органов следствия в этом вопросе: «в УВД было возбуждено 3184 уголовных дела, только 985 уголовных дел передано УВД г. Оша. Конечно, это увеличивает нагрузку следователям. Но я бы считала необходимым оптимально организовать всю эту работу, распределить ее должным образом. Работа не должна прерываться, она должна равномерно идти так, чтобы мы могли найти всех виновных». При оглашении результатов расследования межэтнических столкновений не только касательно Оша, но и всего юга республики президентом были оглашены ещё более удручающие цифры: по июньским событиям следственно-оперативными группами было всего возбуждено более 5 тыс. уголовных дел. На сегодня закончено следствие и направлены в суд только 174 уголовных дел в отношении 317 обвиняемых. Президент отметила, что «такое медленное продвижение следствия означает, что люди не чувствуют себя защищенными и ежедневно ожидают новых нарушений своих прав. В конце концов, потеряв всякую надежду на правоохранительные органы, на возможность в законном порядке защитить себя, люди идут к криминалитету и различным экстремистским группам в поисках справедливости и правды. Последние используют их в своих деструктивных целях, делая из них террористов, готовых уже с оружием в руках бороться против своего государства». При этом Роза Отунбаева посетовала на факты сращивания правоохранительных структур с криминалитетом. Вследствие этого люди не могут добиться соблюдения своих прав, что ведёт их в неформальные преступные группировки и экстремистские организации. Об этом свидетельствует количество жалоб на правоохранительные органы в приёмную президента.

Роза Отунбаева также выразила неудовлетворённость итогами расследования событий апреля 2010 года на площади перед Домом правительства: «Мы сегодня по 7 апреля не закрыли дело, оно продолжается. И основные виновники не найдены: сбежали, сидят за границей. Эти факты сильно будоражат общество. Очень скоро народ, который сегодня полон возмущения, спросит: почему 87 человек погибли? Кто отдавал приказ? За что погибли эти ребята? Я думаю, что дело здесь должно вестись скрупулезно, тщательно, с высокой степенью совести».

Скорее всего, заявления президента напрямую связаны с ожидаемым обострением общественно-политической ситуации в республике. Об этом говорили и силовые министры, и лично Роза Отунбаева. При этом она называет особо взрывоопасным южный регион страны, где сильны национальная неприязнь и активно работают религиозно-экстремистские организации.